肛周脓肿只能通过手术才能根治。从手术而言，肛周脓肿切开引流合并同期的肛瘘挂线手术以及肛周脓肿根治术，这两种手术可以基本上达到根治的目的。因为这两个手术，都是在处理肛周脓肿的同时，也处理掉了引起肛周脓肿的病因，也就是与肛周脓肿最近的肛窦或者是肛腺。挂线术一般也是从最近的肛窦或者肛腺进行挂线，根治术也是要切除肛窦或者肛腺。