卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，临床属于慢性疾病。该病是由于有活性的子宫内膜异位与卵巢发生反复周期性出血，纤维素样粘连囊肿形成，囊肿可破坏卵巢皮质影响卵巢功能，异位内膜可影响排卵及卵子发育，导致周围脏器的解剖变异，导致不孕症，卵巢巧克力囊肿临床可以表现为痛经。另外该病可导致粘连，手术后容易复发，对于绝经后的女性合并卵巢巧克力囊肿的话，也需要治疗，因为有癌变的风险。